Альфа-канал может быть только у всего окна целиком, а не по отдельности. Во всяком случае насколько знаю я. Без конпозитного оконного менеджера вы этого обойти, увы, не сможете. Совет - не извращайтесь, сосредоточтесь на главной цели вашей программы.

По поводу системы сборки. То что вы написали - это костыль в QMake. Продукты компиляции всё равно гадятся в исходники: tmp/*, Makefile, Makefile.Release, Makefile.Debug. Будет конфигураций больше - мусора будет пропорционально. Вообще не хотелось бы офтопить. Лучше оформлю это как статью позже на Вики.

Это решение содержит много недостатков, у вас есть шанс промучиться и не прийти к удобоваримому результату. Ну не предусмотрено это системой. Значит пользователь этого не ждёт. Решение нужно строить ровными полностью документированными кирпичами.

Оказывается это в FAQ'е у троллей есть

Если я правильно все понял, то есть еще вариант с созданием основного окна и дочернего. Основное сделать прозрачным, а дочернее уже альфить как вздумается.