А код установки первоначальных свойств отрабатывал до того, как окно показывалось? Т.е. были ли у тебя какие-то начальные установки свойств ещё до show()?

Вообще, одного climsg() должно быть достаточно во всех случаях, когда окно уже показано. Одного XChangeProperty() должно быть достаточно только до того как окно показано, потому что оно ещё не управляется оконным менеджером. Надо смотреть весь код, так я не скажу почему так происходит.

Не забывай вызывать XFree. В namespace netwm уже есть атомы, они инициализируются во время init(), постоянно дёргать XInternAtom нехорошо.