1) Удалось поставить Intel C++ Compiler 9.1 без проблем. Дополнительных действий при установке не понадобилось (нажимал Next и ставил где надо галочки). Создаю проект через Qt-интегратор и с помощью встроенной в меню команды конвертирую студийный проект в интеловский. Проект компилируется без проблем.
Однако, у меня почему-то не работает двухпроходная схема компиляции (интеловский компилятор) с оптимизацией по профилю приложения (Profile Guided Optimisation). Также при компиляции в режиме debug интеловский компилятор говорит, что debug info не создана, но отладка, вроде, работает как обычно.
2) Манифесты не использую, поэтому сказать ничего не могу.