Извечная проблема защитьІ программ. В результате сводится к тому, что защитить нельзя. Тем более, что свой Unix - своя крепость, спрятать ничего не получится, уж лучше изменить подход к методу защитьІ. Например, защитить лицензией.

Для подобного криптования можно использовать QSettings вкупе со своим форматом данньІх, установленньІм через: QSettings::registerFormat().