Usage:
lrelease [options] -project project-file
lrelease [options] ts-files [-qm qm-file]
во втором режиме можно указывать куда сохранить qm. конечно, тут придется самому передавать путь к нужным ts либо вручную парсить pro.
а так, иходники lrelease открыты, можно посмотреть что он там делает и как.