Ааа, теперь понятно. Это вроде как в Qt Creator уже не изменить. Спасибо, разобрался)
Да, возможно, это qmake автоматом передает, я сталкивался с похожей проблемой с флагами предупреждений (-Wall который передавался последним, в результате чего для clang'а отключал все -Wno-* переданные перед ним)