В MainWindow создаю виджеты (новые окна), в конструкторе виджетов в качестве родителя указываю MainWindow (не наследоваться нельзя).
Дочерние виджеты всегда отображаются поверх родителя (MainWindow), это меня не устраивает.
Как заставить MainWindow отображаться поверх своих потомков?

Как вариант, создавайте виджеты без родителя, а указатель на MainWindow передавайте параметром.