А в Линуксе или в Mac OS, как себя ведет Qt::Tool?

Про линукс ничего не знаю, а на Mac это штатное поведение
Зато диалоги и попапки его перекрывают.

Справедливости ради - и на OSX Qt::Tool у меня почему-то не сработал Пришлось написать неск строк в какаве (тамошнее API). Ну там легко т.к. я точно знал что в ОС это есть. Может уже и в Qt пофиксили

Так это справедливо для любого окна    

Я там вверху для Вас жирным выделил

Вам лучше не говорить, а слушать 

В этом примере, в принципе, так и должно быть - поскольку окно "Test" не имеет родителя, то оно как бы "глобально".
Я пробовал и другие модификации, и вроде как в 10-ке все как надо...
Проверю завтра в 7-ке на работе еще.

Это в идеологии mac os так сделано, насколько я понял, не более.

В идеологии нормального менеджера, каждое окно может быть как выше так и ниже.
3 стандартных слоя - выше всех, стандартное окно, ниже всех.
И на слое стандартных окон возможны уже tool окна, которые являются его детьми.

При этом каждое окно - равнозначная сущность, которая может быть или 1 или 2 или 3.
Не видел ни 1 программы с вашим "поведением" окон на linux. Пожалуйста развейте мои сомнения.

Cлоевая система окон неудобна для пользователя. Ведь при выборе окна нижнего уровня, вы его никогда не увидите, пока не закроете все уровни выше. А какой простор это даёт для зловредов. Более того, неудобно будет и при разработке приложения - ведь возможно более десяти окон на разных слоях, что лишь запутывает пользователя, не давая ему преимуществ.

И таки да - пользователь всегда работает с одним окном. Чтобы работать в двух одновременно, нужны уже 2 мышки, 2 клавитуры, 4 руки 2 и более окон удобны лишь для наблюдения/получения информации.