Мне кажется, у того класса название файла настроек задано по умолчанию (например, settings.ini или conf.ini) и если явно не менять название файла настроек у объектов того класса, то они все сохранят в один файл

Например, вы можете сами сделать сохранение / восстановление настроек при закрытии / открытии программы

В конструкторе класса главного окна вызываю read_settings, в обработчике события closeEvent вызываю write_settings

Python
 
    def read_settings(self):
        # TODO: при сложных настройках, лучше перейти на json или yaml
        config = QSettings(CONFIG_FILE, QSettings.IniFormat)
        self.restoreState(config.value('MainWindow_State'))
        self.restoreGeometry(config.value('MainWindow_Geometry'))
 
    def write_settings(self):
        config = QSettings(CONFIG_FILE, QSettings.IniFormat)
        config.setValue('MainWindow_State', self.saveState())
        config.setValue('MainWindow_Geometry', self.saveGeometry())
 
    def closeEvent(self, *args, **kwargs):
        self.write_settings()
        super().closeEvent(*args, **kwargs)
 

Сериализация однотипных классов делается самому ручками - просто создаёте разделы для каждого класса.
Если же работать как обычно, будет сохранены настройки одного класса.

Т.е. вам нужен менеджер/и/или разные названия каждого новосозданного класса, по которым и будет происходить разделение.

Псевдокод:

PS хотя можно сделать менеджер который будет собирать настройки, сериализовать их в байткод/xml/json и записывать одной строкой в settings.