Это у тебя ГТК-шный стиль кривой, смени.

Ты сидишь в гноме, Qt-шные приложения у тебя использует прокси стиль для гнома, который использует нативный гномовский стиль для отрисовки виджетов. Так вот текущий гномовский стиль судя по всему криво написан и даёт эти ошибки.

Выхода два:
1) Забить на эту ошибку если приложения не крэшатся.
2) Сменить системный стиль оформления на другой или обновить его до последней версии. Ошибка, возможно, уйдёт.

ЗЫЖ Сейчас ещё раз глянул в стек трейс, похоже ошибка в самом gtk-x11, видимо тут смена стиля не поможет. Попробуй эту ошибку заигнорить в valgrind.