Ну да, в документации есть только одно упоминание потоков:
Note: The returned QWebSocket object cannot be used from another thread.
Остается только попробовать сделать полученному сокету moveToThread и проверить на баги.
Ну или сам сервер создать в потоке, тогда хотя-бы с гуем они пересекаться не будут.