Как уже сказал Верес, линковаться будет с Gui.  Значит, там, где нет иксов, будут проблемы. Плюс дополнительные сложности с запуском программы из cron.
Если вопрос  только в том, чтобы в зависимости от параметра командной строки перенаправить вывод либо в консоль, либо в gui, то и тут сложности - в windows консоль с графическим интерфейсом не дружит. Поэтому в виндах вывод я направляю в трей. В linix все легко - хочешь, в gui, хочешь - в консоль.
Прошу прощения, вырезать пример некогда, поэтому могу дать ссылку на готовый проект: http://www.freesoft.ru/?id=713604.