Пишу GNU\GPL проект на С++, у меня там сложная ООП структура... Как для отображаемых элементов, наследуемых от qt, так и не отображаемых.

Я вот подумал - не помешала бы программа, которая наглядно рисует из С++ файлов схемки - классы и их взаимодействие. В крупных компаниях наверно так и делают...

Использую qt-creator (мб плагины какие есть?) - и документирую все классы с doxygen

Любой UML моделлер это умеет так или иначе. Погуглите про UML, Rational Rose под винду. Под линукс можно глянуть Umbrello там есть Code Importing Wizard, правда его адекватность я не проверял.