doxygen-ом и пользовался, хотя слышал что rational rose с этим (и не только) справляется куда круче..

Из безплатных Doxygen (ИМХО) лучший. Тем более что он на Qt особливо заточен (по признанию автора 8-) ).
Ну а если говорить о платных то какими-то отдельными генераторами не пользовался, они обычно идут в комплекте со средствами проектирования. Из всех испробованных мной, под виндой, однозначно, лучшим признан Enterprize Architect от Sparx Systems (http://www.sparxsystems.com/).

У них вроде самописное, где-то эта инфа уже проскакивала, а где не помню.  :?