как запустить утилиту, чтобы она склеивала введённые ts в один ts?

lupdate ru.ts qt.ts -ts all.ts, создаётся all.ts и он пуст

lupdate такого не умеет. Скорее всего тебе подойдёт одно решение из 1) компилировать несколько ts файлов в один qm с помощью lrelease, он это умеет 2) компилировать их по отдельности в отдельные qm файлы, и в программе грузить их сразу все, т.к. qApp->installTranslator может устанавливать несколько переводчиков сразу