Папки debug и release создаются всегда. Не знаю почему.
Про ui. Обычно пишу UI_DIR += и никогда не ругался.
А у меня нет. Какую сборку собираю, такая и есть. Лишних папок нет.
UPD. Сейчас глянул внутрь. В каждом подпроекте пустая папочка debug тоже присутствует, я думал речь о верхнем уровне.
Тогда у меня тоже везде по две штуки и debug пустая.