Если вопрос еще не решен, то столкнулся со схожей проблемой...
И решил ее следующим образом:
1.  Контейнерами: Ошибка: Программа почему-то обнуляла контейнер (Несмотря на то, что кроме потока с ним никто не работал) Решил это просто заперев функцию  мьютексами QMutex mutex.lock() вначале и mutex. unlock() в конце.
2. Общение из потока с главным потоком приводит к тому, что сигнал не всегда генерируется... Решил с помощью:
class RequestEvent:public QEvent
{
public:
    PointArray val;
    RequestEvent(PointArray vl);
};

QCoreApplication::postEvent(parent,new RequestEvent(request),Qt::HighEventPriority);