Если А пересекается со множеством (В, С).
Значит ли это что В или С пересекается с А?
Да, но это не значит что B пересекается c С
Можно ли ввести отношения порядка для объектов?
По-моему нет, не вижу как.
Самое просто, имхо, квадродерево.
Более правильное - семейство R-деревьев.
Еще более правильно - специализировать R-дерево под свои нужды.
Здесь "пересечение" - это как бы свойство просто (пока) хранимое в структурах данных. Как там в пространстве 3-х мерные объекты пересекутся во время движения - то др. вопрос. может еще и никаких "реальных" пересечений нет. А вот когда они возникнут - тогда и нужно (основываясь на заранее созданных данных) ответить разрешаем ли пересечение или нет.