гм.. у вас же путь до новой QT изменился? а рядом с файлом проекта лежат старые make-файлы, и старый .user файл? да?
а в них наверное старые пути, скажу я вам. да?.

можно удалить все .user файлы и открыть проект заново.

мне поогло следующее:
Открыл их текстовым редктором. и проверил досконально что там написано в каких путях. после замены на корректные пути - у меня все заработало.

Хотя вообще там должна быть бы утилита импорта старых .user-файлов, но я как-то не разьбирался...