Необходимо задать свой метод сортировки для QFileSystemModel, а также поставить фильтр на ".", который отображается в Linux. Насколько я понимаю, сделать это можно с помощью QSortFilterProxyModel.
Однако, возникла проблема получения QModelIndex от функции index. В QFileSystemModel  эта функция принимает адрес QString path, а QSortFilterProxyModel принимает row и column.
Но я понятия не имею, какие значения нужно передавать и как их найти для конкретного адреса

В Linux знак "." - ссылка на текущую директорию, необходимо, чтобы она не отображалась в представлении

и правда, но все равно мне пока непонятно, какие значения передавать