Программа, запущенная на линуксе в автоматическом режиме работает с файлами, которые пишут на общий диск Windows машины. Unix-подобные ОС учитывают регистр букв, Windows игнорирует и вин. программы этим пользуются. Имена файлов и каталогов известны, но из разных источников(сгенерированные разными вин. программами) они приходят в непредсказуемом регистре. К примеру: Linux программа должна обработать файл abcd.bin пришедший на общий диск с вин. машины. Вин машины присылают имя файла с произвольным регистром( /bla-bla/Abcd.bin, /BLA-BLA/ABCD.bin) и сам файл создается  с произвольным регистром. Результат для Linux: файл не найден. Исправить поведение программ на вин. машинах не представляется возможным. Каким образом лучше реализовать операции над файлами в программе на линукс системе. Понятно, что это будут костыли, но необходимо какое-то временное решение.

Это несколько проблематично.
Вин. программа создала файл /bla/abcd.bin и сказала линукс программе /BLA/Abcd.bin
Придется "вручную" разбирать всю строку, т.е. все вложенные каталоги и только потом уж файл. Неприятно.

C++ (Qt)
QString createdFile;
QString sendedFile;
 
if (createdFile.toLower()==sendedFile.toLower())
{
   //do task
}
 
 

Вместо toLower можно использовать toUpper().