Ну теоретически моно уйти от char, malloc, free Но прога в первую очередь заточена под МСВС а там граблей с Qt4 хватает Да и мне проще так регулировать размер пакета. А так все комменты по делу

qint64 QIODevice::read ( char * data, qint64 maxSize )
QByteArray QIODevice::read ( qint64 maxSize )
Первая все равно в char* кидает, вторая не подходит

а как с помощью её прочитать от фрагмент ?(не с начала файла а например с середины)

Еще несколько моментов.

C++ (Qt)
    file.open(QFile::ReadOnly);
    QDataStream read(&file);
    lBytes = 0;
    char * ch;
    ch = (char*)malloc(sizeof(char) * 1024);
    ch[1023] = '\0';
    while(!read.atEnd()){
      int l = read.readRawData(ch, sizeof(char)*1023);
      QByteArray ba(ch, sizeof(char)*l);
 
      lBytes += m_pTcpSocket->write(ba, sizeof(char)*l);
      m_pTcpSocket->flush();
// !!! проверка будет работать корректно только при первой операции записи в сокет (т.к. lBytes += ...)
      if (-1 == lBytes){
        qWarning() << "Error";
        m_pTcpSocket->close(); 
// !!! при ошибке будет "течь" память (буфер ch не освобождается)
        return;
      }
      float procentage = ((float)lBytes / package.filelength) * 100;
      emit setProcentage((int)procentage);
    }//while(!readEnd())
    free((void*)ch);
 

Попробуй сделать чтение/запись на функциях работающих с QByteArray. Думаю код упроститься, по крайней мере буфер уйдет.
P.S. В подобных случаях, буфер ch лучше выделять на стеке, тогда и проблем с освобождением не будет.

Клиент
Можно это делать и синхронно:

C++ (Qt)
socket->connectToHost( ... );
if( !socket->waitForConnected( timeout ) )
{
	// ОШИБКА: Соединение не произошло
}
 
// Начали передачу данных
 

Сервер
Я правильно понял, что ты в обработчике сигнала newConnection, запускаешь поток, который будет обслуживать данное подключение?
Если да, то можно использовать сам объект QTcpSocket, который возвращает nextPendingConnection ():

C++ (Qt)
void Server::slot_newConnection()
{
	QTcpSocket *client = nextPendingConnection();
	if( !client )
		return;
 
	Thread *t = new Thread( client );
	t->start();
}
 
Thread::Thread( QTcpSocket *socket )
{
	Q_ASSERT( m_client );
	m_client = socket;
	m_client->moveToThread( this );
}
 
void Thread::run()
{
	// работает с сокетом клиента m_client
}
 

И не забываем убивать объект m_socket при disconnect.