Нашел ответ (была аналогичная проблема на CE 5.0) -  http://lists.trolltech.com/pipermail/qt-wince-interest/attachments/20090907/30e7e315/attachment-0001.txt
Нужно подправить src/gui/kernel/qapplication_win.cpp
На версии Embedded 4.5.3 за строкой 2087:  if (widget->windowState() & Qt::WindowMinimized) {
нужно добавить  widget->dataPtr()->window_state &= ~Qt::WindowMinimized;

Получилось:
#ifdef Q_OS_WINCE
                {
                    if (widget->windowState() & Qt::WindowMinimized) {
                        widget->dataPtr()->window_state &= ~Qt::WindowMinimized;  // добавление
                        if (widget->windowState() & Qt::WindowMaximized)
                            widget->showMaximized();
                        else
                            widget->show();
                    }
#else
                if (!(widget->windowState() & Qt::WindowMinimized)) {
#endif

После перекомпиляции библиотеки все заработало корректно. Заменил файлы QtGui4.dll и QtCore4.dll