>>а make uninstall не помогает?
А авторы разные бывают, не всегда всё корректно делают.
Да и не универсально вслучае, когда на машине несколько версий Qt. А главное цель не понятна, свою же программу в каталоге с Qt не разрабатываешь.
Я честно говоря не знаю разработчиков которые make-файлы пишут руками, обычно используют систему сборки (qmake, cmake, scons и т.д.), которая и создает все цели для сборки, в том числе и install, unnstall. Так что пользуйся не бойся, в linux это совершенно нормально.