Я не знаю как влияет TEMPLATE = subdirs, но дополнительную цель можно собрать так:
dist.commands = echo hello world (ну или вызов компилятора с нужным файлом)
QMAKE_EXTRA_TARGETS += dist
make dist
Цель dist в autotools выполняет роль сборки релиза, т.е. после make dist ты получаешь готовый tar.gz архив с твоими исходниками. TEMPLATE = app создаёт такую цель, а вот TEMPLATE = subdirs - нет ((