Сам задал - сам отвечу
Максимальной скорости выборки данных придется добиваться 2 путями:
1) Просто упорядочив геометрические объекты по убыванию занимаемой площади и выбирать только необходимое количество данных, без всяких сортировок.
2) Поставив мощный сервер
Сейчас удалось добиться выборки данных из 3 таблиц по 1500 данных из каждой в районе 1-1,5 секунды на офисной машине со слабым сервером...