Как решили проблему?
Дефайны QT_LARGEFILE_SUPPORT и QT_ABI_QT4 (я только их опцией configure задал при перекомпиляции qt), оказалось, надо либо вручную добавлять к каждому проекту, либо раз и навсегда модифицировать qmake.conf. Проблемы возникали из-за некорректной линковки.
добавлено спустя 23 минуты: Как решили?
Если Вы спрашиваете, как решил проблемы с некоррекной линковкой, то, как уже сообщал, поправил qmake.conf
DEFINES += UNICODE WIN32 [b]QT_LARGEFILE_SUPPORT QT_ABI_QT4 [/b]
Шляпа в том, что неверные заголовочные файлы(где QFile::offset=int) не приводили к ошибкам линкера, но исполнямый файл оказывался безнадежно испорченым.