По прошествии времени отвечу сам себе. (Может и другим пригодится) Чтобы символ пришедший в ком порт сразу же был прочитан программой нужно установить элементы массива c_cc в структуре termios при инициализации параметров порта в следующее значение
newtio.c_cc[VTIME] = 1;
newtio.c_cc[VMIN] = 0;
это означает,что функция чтения из порта (например fget) будет немедленно возвращать один пришедший символ как только он прилетел в ком порт.