Консольных приложений с форточкой не может быть в принципе. У них разный main(). Но любое из них может из себя вызвать противоположность (консоль -> форточку и наоборот). Но это будут два разных приложения. Несмотря на отличие в интерфейсе (чисто визуальное), это все равно полноценные приложения Win32.
А может быть под консолью имелся в виду сеанс DOS?
Если интересует разница с точки зрения написания программ - то очень большая. Для GUI надо писать оконные функции (если писать на чистом WinAPI), для консоли этого ничего не надо.