Вобщем, слегка проработал тему:
1. Изменить харкордные пути можно через Qt Installer Framework. Maintenance Tool как раз оттуда. Там скриптовые модули для кастомной обработки.
2. Спецом для Windows есть еще тулза windeployqt, она также должна уметь патчить.
Я все эти инструменты не использовал, ибо нужно разбираться.
3. Собственно, полагаю достаточным будет пропатчить вручную (всего то ~10 файлов).
4. Пермещение Qt, видимо, все же актуальная задача. И вот здесь
https://github.com/lniccoli/qtrelocator уже давно кто-то запилил консольную тулзу, сорцы которой выдранны из Qt-инсталлера. Она как раз только и делает, что патчит:
QtRelocator "E:\My New Location\Qt-v5.12.3-win32-x64-msvc2017" qt5
qmake она патчит не до конца.
Файлы, которые нужно было пропатчить в моем случае (Qt-v5.12.3-win32-x64-msvc2017):
bin:
2020-11-14 23:20 2,794,496 qmake.exe
2020-11-14 23:20 6,130,176 Qt5Core.dll
2020-11-14 23:20 14,041,088 Qt5Cored.dll
lib:
2020-11-14 23:20 1,424 Qt5AxBase.prl
2020-11-14 23:20 1,409 Qt5AxBased.prl
2020-11-14 23:20 1,499 Qt5AxContainer.prl
2020-11-14 23:20 1,485 Qt5AxContainerd.prl
2020-11-14 23:20 1,506 Qt5AxServer.prl
2020-11-14 23:20 1,492 Qt5AxServerd.prl
2020-11-14 23:20 1,382 Qt5PacketProtocol.prl
2020-11-14 23:20 1,365 Qt5PacketProtocold.prl
2020-11-14 23:20 1,425 Qt5QmlDebug.prl
2020-11-14 23:20 1,410 Qt5QmlDebugd.prl
2020-11-14 23:20 1,423 Qt5QmlDevTools.prl
2020-11-14 23:20 1,477 Qt5UiTools.prl
2020-11-14 23:20 1,465 Qt5UiToolsd.prl
Да, и начиная с Qt 5.14, Qt становится перемещаемой (-relocatable configure option, которая включена по умолчанию), т.е. она ищет плагины относительно QtCore, а не по хардкордным путям. Распространяемые бинари были собраны с этой опцией (кто скажет у кого >=5.14)?