Тогда действительно, что-то изменилось. Попробуйте, как здесь советовали ранее, указывать в проекте каталоги сборки, примерно так:
C++ (Qt)
ROOT_DIR = $$PWD/../../
DESTDIR = ./
CONFIG(debug, debug|release):{OBJECTS_DIR = $$ROOT_DIR/build/$$TARGET/debug}
else:{OBJECTS_DIR = $$ROOT_DIR/build/$$TARGET/release}
RCC_DIR = $$ROOT_DIR/build/$$TARGET
UI_DIR = $$ROOT_DIR/build/$$TARGET
MOC_DIR = $$ROOT_DIR/build/$$TARGET
Может, сработает.