Может требуется просто сохранить текущую структуру папок и файлов? Эта задача решается самостоятельно, исходя из специфики задачи.
Думаю, пока нужно именно это.
Хотя в дальнейшем хотелось бы реализовать возможность десериализации обратно в QFileSystemModel о которой вы тоже писали
Модель QFileSystemModel отражает текущее состояние локальной файловой системы. Поэтому не ясен момент, что подразумевается под сериализацией.
Сама сериализация подразумевает возможность десериализации обратно в QFileSystemModel.