может его расшифровать во в файл базы данных и работать с базой данных, а по выходу зашифровывать обратно?
нет смысла, ибо тогда файл будет перехвачен
вообще если есть доступ рута или админа, то шифрование сомнительно, т.к. вся память просматривается им