Тут скорее всего из-за того, что у тебя Projects/Qt является репой, вот он и не создает. Тебе придется удалить Projects/Qt/.git. ОСТОРОЖНО, удалится вся история. Делай аккуратно.
Попробую. Я еще вчера корневой .git удалил, ибо мне он никогда нужен не был особо. Реальные рабочие проекты у меня отдельно хранятся, каждый со своим репозиторием, сделанным ручками или SmartGit'ом. Сейчас попробую создать тестовый прект, посмотрю, что получится.
UPD. Да, все хорошо! Спасибо за совет!