как решил?
У меня было export PATH=${PATH}:<путь к Qt>, переставил ${PATH} в конец. Хотя, проблему это не решило. Из командной строки теперь запускается нужный qmake. Но вот проект, который нужно собрать, собирается с помощью mason, который каким-то хитрожопым способом все равно хватает 5.2.1...