У меня ничо не создается (ни в Linux, ни в Windows):
1. Имею .qmake.conf в корне проекта
top_builddir=$$shadowed($$PWD)
2. И собственно, структура про-файлов приложения:
QT += gui widgets
TEMPLATE = app
CONFIG += c++11
TARGET = $$qtLibraryTarget($$TARGET)
DEFINES += QT_NO_CAST_TO_ASCII QT_NO_CAST_FROM_ASCII
HEADERS +=
SOURCES +=
FORMS +=
RESOURCES +=
DESTDIR = $$top_builddir/deploy-apps
3. И собственно, структура про-файлов плагинов:
QT =
TEMPLATE = lib
CONFIG += plugin
TARGET = $$qtLibraryTarget($$TARGET)
DEFINES += QT_NO_CAST_TO_ASCII QT_NO_CAST_FROM_ASCII
HEADERS +=
SOURCES +=
OTHER_FILES = plugin.json
DESTDIR = $$top_builddir/deploy-apps/plugins-dir
И все складывается как надо.
PS: Qt 5.6/5.7 && QtC 4.0.3/3.5