Все зависит от того как ты создаешь эти окна. То есть файла то 2, но грузишь ты их как?
Так или иначе задача сводится к тому, чтобы иметь в одном окне ссылку на другое окно. Объявить property можно так:
Window {
id: mainWindow
property var secondWindow: null
затем нужно при создании окна запихать туда ссылку на второе окно, после чего можно будет легко вызывать любые его функции и менять любые значения:
onClicked: console.log(secondWindow.visible);
Ну а чтобы цвет менять - тебе нужно будет задать на него алиас, или же использовать property binding:
property alias rectColor: rect.color
или
id: secondWindow
property string rectColor: "green"
...
Rectangle {
color: secondWindow.rectColor
...
Как результат:
onClicked: secondWindow.rectColor = "yellow"