Для получения главного окна без кнопки на таскбаре использовал разнообразные флаги и их сочетания. Есть разные методы получения такого окна, но в любом случае при закрытии диалога относящегося к этому гл. окну оно также закрыается
Причем неважно является ли гл. окно "парентом" для диалога или диалог сам по себе. Кто-нибудь сталкивался?
добавлено спустя 1 час 11 минут: Проблема решилась.
Для главного окна используем Qt::Tool, Qt::Qt::FramelessWindowHint, а в мейне пишем setQuitOnLastWindowClosed(false)