Родителя не указывать? Или посмотрите флаги что при создании окна задаёте.
PS есть пример windowFlags, в котором вы можете попробовать все флаги и их реакцию на 2 окнах.
PPS а код создания предоставить было бы кстати.
Это QML, окно я так понял обычный QWindow.
http://doc.qt.io/qt-5/qml-qtquick-window-window.html