Полез в исходники и нашел Qt::WindowDoesNotAcceptFocus - и вроде работает. Во блин, как я его раньше не видел
Но как я умудрился получить такое поведение ничего не зная об этом флажке? Ничего плохого вроде не делал - просто переназначал окну парента. Смотрю...