А где их автор предполагает менять? Если в обработчике нажатия мыши для айтема
Именно там.
А потом его все-равно придется переустановить для айтема, т.к. setPixmap принимает константную ссылку и изменение оригинала его не затронут.
Всё так и делается. Сначала в оригинале QImage меняется пиксель, а потом делается item->setPixmap(QPixmap::fromImage(*sceneImage))
Если бы QImage нигде не хранился, то где бы взять его текущий экземпляр с изменёнными пикселями? Только преобразовать из item->pixmap(), изменить пиксель и обратно в QPixmap? Можно и так. Всё равно и то и другое решение "боевым" назвать сложно.