qt5:
создается файл и кладется в базовую папку к исходникам:
.qmake.conf
SRC_DIR = $$PWD
BUILD_DIR = $$shadowed($$PWD)
INCLUDEPATH += $$SRC_DIR/include
qt4:
создается файл и кладется в базовую папку, куда будет выполняться сборка:
.qmake.cache
SRC_DIR = $$PWD/../project
BUILD_DIR = $$PWD
INCLUDEPATH += $$SRC_DIR/include