Зайдите в свойства проекта -> Run Environment (или как она по-русски): найдите PATH, нажмите Edit, предварите существующую строку строкой "bla-bla". Ищите "bla-bla" в файле.
А зачем вам необходимо модифицировать PATH?
Есть две оси, например, Винда и на виртуалке Линукс. Необходимо иметь единые сорцы проекта, при возможности одновременной компиляции из разных ОСей. Qt, QtCreator, естественно, в каждой системе свои и со своими настройками. Кто как решает эту проблему?
Расскажу на примере компиляции плагина для QtCreator: исходники плагина и QtCreator-а одни для всех машин (реальной Windows, виртуальной Linix x64 и x32 (обе Ubuntu). Располагаются в папке под NTFS файловой системой, которая подключается как расшаренный ресурс в Linux, с этого ресурса и компилируют каждый в свою папку, которая и определяется в user.pro.
Как вариант - смотреть в сторону кросскомпиляции: вот
здесь подробная статья.