Если Qt проект импортируется из pro, то достаточно настроить MOC_DIR, OBJECTS_DIR, UI_DIR и RCC_DIR. Соответственно, в файле проекта студии эти элементы будут разнесены по указанному пути. А если проект создается при помощи плагина к студии, то все будет сразу "из коробки".
Вот пример pro
win32 {
CONFIG(debug, debug|release) {
MOC_DIR = ./GeneratedFiles/Debug
OBJECTS_DIR = ./Debug
} else {
MOC_DIR = ./GeneratedFiles/Release
OBJECTS_DIR = ./Release
}
UI_DIR = ./GeneratedFiles
RCC_DIR = ./GeneratedFiles
DEPENDPATH += ./GeneratedFiles
}
Эта схема работает и в 2010 и 2012 студиях. Самой студии все равно куда "гадить" - все пути указываются пользователем в файле проекта.