Только что такая же фигня была
Проект на флешке.
Изменил пару файлов на ноуте, скомпилировал на ноуте - все прошло хорошо.
Чуть позже вставил в комп и запустил компиляцию. Компиляция дальше pro файла не идет, прямо как у ТС.
Просмотрев дату изменения тех файлов увидел интересное - их дата на компе еще не наступила (на ноуте на час вперед время).
Обновил дату изменения файлов (открыл в редакторе, пересохранил).
Запустил компиляцию - проблема прошла