Как скомпилировать нужно программу, что бы результирующий cgi файл был кросплатформенный??
Этого в принципе сделать невозможно, т.к. формат исполняемых файлов в разных платформах - разный.
Можно написать "кроссплатформенный" код и собирать из него исполняемый модуль, поддерживающий спецификацию cgi, под конкретную платформу.
По настоящему кроссплатформенное cgi приложение может быть реализовано на скриптовых языках (php, perl, python, ...) либо в байт-коде, например на Java.