Как вариант решения проблемы - QWidget показывать отдельным окном.
В прошлом году писал тоже что-то подобное. Тоже пришел к мысли показывать отдельным окном. На моей машине помогло. Перенес на лэптоп - окно стало "моргать". Что-то там плохо шло при перерисовки.
Похоже, что все очень сильно зависит от график карты. Насамом делеле виджиты плохо уживаются рядом с GL, особенно когда возникают наложения.
Пока засунул QGlWidget в QFrame и оставил рамку 1 пиксель. Как сделать QToolBar поверх QGlWidget.
Исходя из вышесказанног лучше все элементы размещать рядом, но не поверху. Работать будет - но только на очень быстрых картах типа NVidia Quadro