Может дело в пробелах в путях к заголовкам?
INCLUDEPATH
...
To specify a path containing spaces, quote the path using the technique mentioned in the qmake Project Files document. For example, paths with spaces can be specified on Windows and Unix platforms by using the quote() function in the following way:
win32:INCLUDEPATH += $$quote(C:/mylibs/extra headers)
unix:INCLUDEPATH += $$quote(/home/user/extra headers)
Ещё, после изменения pro-файла, бывает полезно "Запустить qmake" для проекта и выполнить его полную пересборку.