Зависит от того, что пишешь
Например, при создании окон, мне кажется, удобнее использовать show:
int main( int argc, char **argv )
{
QApplication app( argc, argv );
QWidget w;
w.show(); // коротко и лаконично
return app.exec();
}
При передачи булевых переменных, удобнее setVisible:
QCheckBox * cBoxVisibleWindow = new QCheckBox();
cBoxVisibleWindow->show();
QWidget * window = new QWidget();
window->setVisible ( cBoxVisibleWindow->isChecked() );
connect( cBoxVisibleWindow, SIGNAL( toggled( bool ) ),
window, SLOT( setVisible( bool ) ) );