ваши варианты?
Контекстное меню, вызванное по щелчку на пустом месте (а не на айтеме) относится к руту. Также должно меню рута и вызваться при щелчке на айтеме, только с удержанием Shift, например.
у QtreeView нет сигнала о клике по пустой области, и этого пустого места так мало, что трудно прицелиться.